Dvarininkas Orvydas (Orvydavičius) 1533 m. pastatė Šilalėje bažnyčią ir ją išlaikė. Įkurta parapija. Šilalės klebonas Jonas Tartila vienas pirmųjų Lietuvoje pradėjo propaguoti reformacines evangelikų liuteronų idėjas, todėl 1536 m. turėjo pasitraukti į Mažąją Lietuvą. Šilalės bažnyčia XVI a. pabaigoje priklausė protestantams. XVII a. pradžioje grąžinta katalikams. Pranas Pilsudskis 1769 m. pastatė naują mūrinę bažnyčią. 1792 m. Jonas Pilsudskis įsteigė altariją. 1829 m. bažnyčia gerokai apdegė. 1830 m. suremontuota. XIX a. veikė parapinė mokykla.
1850 m. parengtas bažnyčios padidinimo projektas neįgyvendintas. Architektas J. Dzekonskis 1897 m. suprojektavo mūrinę bažnyčią. 1900 m. projektas patvirtintas. 1903 m. nugriauta senoji bažnyčia. Klebono prelato B. Pacevičiaus ir kanauninko Pr. Kuodžio rūpesčiu bei parapijiečių lėšomis 1905–1909 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia.
Nuo 2007 m. bažnyčioje tarnauja trys kunigai – kun. Kęstutis Motiejaitis, kun. Mindaugas Alekna ir Šilalės Šv. Pranciškaus Asyžiečio bažnyčios klebonas, bei Telšių vyskupijos jauniausias dekanas Stasys Toleikis.