Tauragnų valsčius, kuriam priklausė ir Salako apylinkės, 1387 m. dovanotas Vilniaus vyskupui. Mikalojus Petkevičius 1496 m. Salako parapijai dovanojo 3 valstiečius su žemėmis. Salako bažnyčia minima ir 1522 m. Nauja pastatyta 1674 m. Salake 1714 m. nupirkti 4 sklypai ir dovanoti reguliariesiems atgailos kanauninkams. 1721 m. jiems dovanotas Narbutiškių palivarkas su 22 kaimais, pastatytas vienuolynas ir bažnyčia. Vienuoliai administravo ir parapijos bažnyčią. Rusijos valdžia vienuolyną 1832 m. uždarė, pastatus nusavino. Po 1837 m. bažnyčia nugriauta.
Apie 1740 m. pastatyta nauja parapinė bažnyčia. Jai 1871 m. pakeisti sienojai. 1781 m. minima parapinė mokykla. Salako parapija su Dūkšto ir Vajasiškio filijomis 1849 m. priskirta Žemaičių vyskupijai. 1857 m. pastatyta mūrinė varpinė, įrengtos Kryžiaus kelio stotys. 1862–1865 m. pastatyta nauja medinė bažnyčia. Ji 1905 m. sudegė, apdegė varpinė, joje kabėję 4 varpai nukrito. Sudegė dalis parapijos archyvo.
1906 m. patvirtintas inžinieriaus Ignoto Morgulco mūrinės (tašytų akmenų) bažnyčios projektas. 1907 m. gautas vidaus reikalų ministro leidimas statyti. Tašytus akmenis iš aplinkinių laukų suvežė vietos gyventojai (bažnyčios sienoje įtvirtinta atminimo lenta byloja: „Viešpatie, lai būna amžina garbė tiems, kurie nesigailėjo dėl Tavęs įdėti tiek darbo, net į kietus akmenis ją statant ir nesigaili nuoširdumo ją išlaikant“). Darbus prižiūrėjo inžinierius Nikolajus Andrejevas, statyba rūpinosi klebonas Antanas Kryžanauskas (Salako klebonu paskirtas 1903 m.). 1911 m. į bažnyčios bokštą įkelti varpai, kuriuos per Pirmąjį pasaulinį karą išsivežė vokiečiai. 1914 m. įrengti vargonai (pagaminti Karaliaučiuje).
1915 m. bažnyčią konsekravo vyskupas Pranciškus Karevičius. Klebonas A. Kryžanauskas suorganizavo bažnytinį chorą, Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrių, platino spaudą, šelpė moksleivius. 1918 m. klebonas tapo Žemaičių vyskupijos kanauninku, 1919 m. suimtas ir išvežtas į Daugpilio, vėliau į Smolensko kalėjimą (į Lietuvą grįžo 1920 m.). Suėmus kleboną, buvo apiplėšta klebonija, sunaikinti archyvo likučiai. 1927 m. įsigyti 3 nauji varpai. Bažnyčią remontavo klebonas Antanas Stanionis (Salake klebonavo nuo 1935 m.).
1944 m. sugriauta aukščiausioji (medinė) bažnyčios bokšto dalis, sužalotas akmeninis viršus; sunaikintas bažnyčios stogas, sužaloti zakristijų stogai. Griūvant bokštui, nukentėja ir bažnyčios vidus, ypač vargonai. Po karo klebono Jono Morkvėno ir parapijiečių iniciatyva bažnyčia iš dalies suremontuota. 1947 m. sutaisytas stogas. Pagal architekto A. Panavo ir konstruktoriaus V. Bagočiūno projektą 1989 m. atstatytas bokštas.