Senojoje Nidoje (apie 2 km į pietus nuo dabartinės) 1569 m. buvo bažnyčia. Iki 1675 m. ją užpustė su visa gyvenviete. 1812 m. Gotlybo Dovydo Kuverto pirko apleistą Kuncų bažnyčios pastatą. Iš jo plytų, sijų buvo pastatyti užeigos namai ir gyvenamasis namas valdininkams, kuriame buvo įrengta nedidelė salė pamaldoms laikyti. Ji pašventinama 1835 m. lapkričio 8 d., nuolatinis dvasininkas Gustavas Sylla paskirtas 1847 m.
1854 m. įsteigta Nidos parapija. Parapijai priskiriamos naujai įsikūrusios Pervalkos ir Preilos gyvenvietės. 1855 m. Gustavui Syllai mirus, Nidoje dvasininko nebuvo iki 1861 m. 1861–1863 m. Nidos parapijoje dirbo J. Pipiras, 1963–1868 m. – Albertas Hoffheinzas, 1868–1873 – Ernstas Pohlis, 1873–1876 – Augustas Jusas.
Senajam bažnyčios pastatui sunykus, liuteronų pastorius Gustav Echternach (Nidoje dirbo 1876–1894 m.) ėmėsi naujos bažnyčios statybos. Darbai pradėti 1886 m., sukaupus 38 000 markių, jie baigti ir bažnyčia pašventinta 1888 m. spalio 10 d. Po vietos gyventojų repatriacijos į Vokietiją joje retkarčiais buvo laikomos katalikų pamaldos.
Po Pirmojo pasaulinio karo čia kunigavo Johannes Magnus (1918–1923 m.), Paulius Schenckė (1923–1925), Jurgis Henkys (1927–1929), Ewaldas Edelhoffas (1929–1930), Johannes Kypkė (1930–1935), Ernstas Ribaitis (1936–1937), Jonas Butkeraitis (Buttgereit; 1937–1940), Walteris Palletinas (1941–1943), Waldemaras Kütheris (1943–1944 m.).
Bažnyčios bokštas
Po Antrojo pasaulinio karo Nidos bažnyčios dokumentai buvo sunaikinti, sugriautas rytinis bokštelis, sunaikintas antrasis altoriaus paveikslas, demontuoti altoriaus stalas, bažnyčios suolai, langai, sakykla, vargonai. 1962 m. uždaryta.
1966–1988 m. buvo Neringos istorijos muziejus. Nuo 1988 m. pabaigos iki 2000 m. gegužės Nidos katalikų buvo nuomojama iš evangelikų liuteronų. 1984 m. Vilniaus vargonų dirbtuvės (vad. Rimantas Gučas) bažnyčioje pastatė naujus 24 registrų vargonus. 1992 m. rugsėjo 20 d. iškilmingai atšventintas naujas, restauruotas interjeras, altorius ir sakykla.