Bažnyčiai 1609 m. dovanotas Minikaičių (vėliau pavadintas Šunikiais) kaimas, įkurta parapinė mokykla. 1703 m. pastatyta nauja bažnyčia. Jai 1795 m. pakeista dalis sienojų.
1825 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia, 1839 m. – kapinių koplyčia. 1912–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. 1937 m. rengtasi statyti naują mūrinę bažnyčią, buvo klojami pamatai.
Bažnyčios šventoriuje yra vienintelis kapas – kunigo Juozapo Rutalės, kuris paskutiniaisiais gyvenimo metais kunigavo Užventyje.