Upninkų savininkas Radvila Astikas iki 1477 m. pastatė pirmąją bažnyčią. XVI a. antrojoje pusėje – 1650 m. ją buvo pasisavinę evangelikai reformatai. Katalikų bažnyčia pastatyta 1717 m. Ji 1750 m. perkelta į kitą vietą. XVIII a. veikė parapinė mokykla.
1806 m. bažnyčia sudegė. Laikina įrengta mūrinėje dvaro koplyčioje. Po 1828 m. pastatyta medinė bažnyčia. Ji 1842 m. sudegė. 1844–1845 m. įrengta akmenų mūro dvaro grūdų sandėlyje. Parapijos centras 1845 m. perkeltas į Veprius.
Upninkų dvaro savininkas liuteronas Bulmeringas 1864 m. prašė valdžios bažnyčią uždaryti, o pastatą grąžinti dvarui. Valdžia prašymą atmetė, bet Upninkuose gyventi kunigui neleido. 1863 m. leista atvykstantiems kunigams retkarčiais laikyti pamaldas. Bažnyčia 1907–1911 m. suremontuota, 1912 m. paskirtas kunigas. Klebono rūpesčiu 1915 m. atkurta mokykla. Joje pamokos vyko lietuvių kalba (dėstė klebonas ir dar vienas mokytojas). Klebonas Antanas Gaslauskas su vargonininku apie 1917 m. suorganizavo pavasarininkų kuopą, chorą.