1724 m. pastatyta koplyčia ar bažnyčia. 1782 m. vizitacijų aktuose nurodyta supuvusi bažnyčia. Kunigas Juozapas Poviliauskas su parapijiečiais 1859 m. ją perstatė ir padidino. 1882–1914 m. Skudutiškyje kunigo nebuvo (bažnyčia buvo Molėtų parapijos filija). 1915 m. paskirtas kunigas Julijonas Svirskis pastatė kleboniją, įsteigė lietuvių mokyklą, 1922 m. įkurta parapija.
1927 m. paskirtas klebonas Stanislovas Čelkus su parapijiečiais 1939 m. pastatė dabartinę medinę bažnyčią. Jis 1946 m. suimtas ir nuteistas 10 m. kalėti. Į Lietuvą grįžo 1956 m.