Pilviškių seniūnas Mikalojus Chrapovickis 1759 m. pastatė koplyčią. Ji nuolatinio kunigo neturėjo. 1766 m. pradėtos rašyti metrikų knygos. 1778 m. įkurta parapija. 1802 m. pastatyta nauja medinė bažnyčia. Parapijai paskirti 3 valakai žemės. 1812 m. bažnyčia sudegė, pastatyta laikina.
1829–1834 m. pastatyta dabartinė bažnyčia. 1889 m. norėta padidinti, valdžia neleido. Kunigas M. Juodišius su parapijiečiais bažnyčią 1895–1896 m. perstatė ir padidino (sąmatinė vertė 12 611 rb). Vargonininkas Pranas Puskunigis (1860–1946) Skriaudžiuose 1906 m. įkūrė kanklininkų būrelį. Kurį laiką kunigu tarnavo Antanas Radušis.
1907 m. įsikūrė „Žiburio“ draugijos skyrius. Jis 1908 m. įsteigė biblioteką – skaityklą. Per Pirmąjį pasaulinį karą sudegė klebonija ir ūkiniai pastatai, apardyti bažnyčios skliautai. 1918 m. kunigo T. Žilinsko rūpesčiu bažnyčia suremontuota, uždengtas stogas. Ji remontuota ir po Antrojo pasaulinio karo. Klebonas Vincas Čėsna aštuntajame dešimtmetyje įdėjo naujas grindis.