Bažnyčiai 1639 m. paskirta 18 valakų žemės, apie 100 dešimtinių miško. Kunigo Mykolo Baukevičiaus rūpesčiu 1708 m. perstatyta. 1820 m. jai priklausė 10 valakų žemės su Ožkyčių ir Fazukų kaimais. Dvarininko Pranciškaus Karpio ir parapijiečių lėšomis 1853 m. bažnyčia padidinta.
Ilgametis Pušaloto klebonas Feliksas Vereika (apie 1822–1882; palaidotas šventoriuje) apmūrijo kapines, 1879 m. paaukštino bažnyčią, pristatė dvi šonines koplyčias, 1882 m. įrengė vargonus. XIX a. viduryje veikė parapinė mokykla.
1855–1862 m. Pušalote klebonavo Antanas Juška (1819–1880). Jis ne tik atnaujino bažnyčią, 1857 m. pastatė kleboniją, bet ir rinko tautosaką. 1896–1912 m. klebonas Jonas Jaskevičius rėmė draudžiamos spaudos platinimą, organizavo slaptas lietuviškas mokyklas, 1898 m. pastatė prieglaudą su parapijos sale.