1570 m. paskirta fundacija Plungės bažnyčios statybai. 1590 m. bažnyčia atiteko evangelikams reformatams. 1617 m. pastatyta katalikų bažnyčia, įsteigta parapinė mokykla. Be jurisdikos miestelyje, bažnyčiai dovanotas Kapsūdžių kaimas (47 valakai).
1797 m. pastatyta nauja medinė bažnyčia. Grafai Zubovai 1850 m. pastatė varpinę, 1858 m. – kapinių koplyčią. Kunigas Apolinaras Kulakauskas Plungės bažnyčioje 1863 m. perskaitė sukilėlių atsišaukimą, už tai nubaustas 100 rb ir iškeltas į Saločius. Pagal inžinieriaus Stepono Stulginskio projektą 1902–1933 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. Iki 1915 m. sienos išmūrytos iki langų. Po to statyba tęsta tik nuo 1928 m. Ja rūpinosi klebonas (vėliau prelatas) Povilas Pukys. Naują bažnyčią 1933 m. rugsėjo 24 d. konsekravo vyskupas Justinas Staugaitis. Jos vidus buvo įrenginėjamas iki 1940 m. Plungės vakariniame pakraštyje 1908 m. pastatyta medinė Švč. Mergelės Marijos Lurdo koplyčia ir altarija. 1928 m. čia įsikūrė kapucinai, kurie 1930 m. įsteigė vidurinę mokyklą (uždaryta 1936 m.). Po Antrojo pasaulinio karo koplyčia uždaryta, vienuolynas panaikintas. 1934 m, nugriauta senoji bažnyčia.
1934–1936 m. pastatyti moterų namai (bendrabučiai). Varpinėje 1936 m. kilo gaisras. 1937 m. norėta ją nugriauti, vėliau suremontuota. Klebono P. Pukio rūpesčiu pagal inžinieriaus Stepono Stulginskio projektą 1938–1939 m. pastatyti mūriniai parapijos namai. Klebonas P. Pukys 1945 m. liepos 10 d. ištremtas į Sibirą.