Pivašiūnų žemes dvarininkas Jonas Klockis 1639 m. padovanojo Senųjų Trakų benediktinų abatijai. Vienuoliai 1648 m. pastatė medinę bažnyčią. Ji stovėjo dabartinės koplyčios vietoje. Bažnyčia kelis kartus degė. 1799 m. inventoriuje nurodyta sena, paramstyta bažnyčia. Joje buvo Dievo Motinos paveikslas ir 5 altoriai.
1825 m. bažnyčia sudegė. Tais pačiais metais Trakų dominikono Celestino Sarakos rūpesčiu ant kalvos pastatyta dabartinė medinė bažnyčia. XIX a. antrojoje pusėje į Pivašiūnus buvo skiriami lietuviškai nemokantys kunigai. Pamokslai lietuviškai pradėti sakyti apie 1891 m., tačiau atkėlus lenką kunigą, vėl panaikinti.
1911–1918 m. Pivašiūnuose klebonaujant Alfonsui Petruliui (Nepriklausomybės akto signataras) pamaldos vyko lietuvių kalba, užtat jis buvo skundžiamas dvasinei vyresnybei, šmeižiamas lenkų spaudoje. 1913 m. įsteigtas „Ryto“ draugijos skyrius.