1459 m. Pašvitinyje pastatyta pirmoji bažnyčia. 1609 m. pradėta statyti nauja. Pašvitinys 1621–1842 m. priklausė Žemaičių vyskupijai.
Vietoj medinės 1825 m. pastatyta mūrinė bažnyčia, bet dėl blogų pamatų netrukus perskilo. Ji buvo nugriauta ir 1852 m. pastatyta dabartinė bažnyčia. Ją 1857 m. konsekravo vyskupas Motiejus Valančius. Parapijai 1841 m. priklausė 6 valakai žemės. Prie bažnyčios nuo seno buvo altarija, vėliau įsteigta antra. XIX a. viduryje veikė parapinė prieglauda. Po 1902 m. pagal architekto Nikolajaus Andrejevo projektą pastatyta mūrinė klebonija.
Pašvitinyje 1928–1934 m. gyveno ir mirė kunigas Juozas Dabužis-Dabužinskas (1878–1934), visuomenininkas ir spaudos darbuotojas, 1919 m. Paryžiaus Taikos konferencijos Lietuvos delegatas. 1952–1988 m. klebonavo Boleslovas Stasuitis (1909–1988; palaidotas Šiaulėnų kapinėse).