Sebastijonas Jaugelis 1621 m. pastatė mūrinę evangelikų reformatų bažnyčią. Dėl jos varžėsi reformatai ir katalikai. 1706 m. liepos 18 d. Klovainių katalikai, grįždami su procesija iš Linkuvos, su kunigu Laurynu Gudavičiumi nusiaubė Pamūšio evangelikų reformatų bažnyčią, apiplėšė tos tikybos valstiečius. Iki 1763 m. evangelikų reformatų parapija sunyko, bažnyčia apleista. Dar 1902 m. Klovainių klebonas siūlė suremontuoti nenaudojamą bažnyčią, bet vyskupas į šį pasiūlymą neatsakė.
1905 m. bažnyčia paversta sandėliu. Klovainių klebono Jurgio Stakausko rūpesčiu suremontuota bažnyčia 1924 m. lapkričio 16 d. pašventinta. 1929 m., parceliuojant Lašmenpamūšio dvarą ji gavo 7,9 ha žemės. 1933 m. įkurta parapija. Jos reikalais rūpintis paskirtas Linkuvos vikaras Jurgis Danys (1898–1977). Vyskupui Kazimierui Paltarokui (kilusiam iš šių apylinkių) remiant, bažnyčia toliau remontuota, pradėti statyti kiti trobesiai. Pagal inžinieriaus Romano Steikūno projektą bažnyčia 1935 m. perstatyta, 1939 m. perdengtas stogas, įdėtos naujos grindys.
1939 m. įrengtos naujos kapinės, 1940 m. Lašmens krante – Lurdas. 1981 m. rugpjūčio 8 d. piktadariai mirtinai sužalojo kleboną Leoną Mažeiką (1918–1981).