Palonų koplyčia minima 1782 m. Jai 1788 m. dovanoti 25 margai žemės, tapo Baisogalos parapijos filija. Kunigas Liudas Adomauskas (1880–1941) 1918–1919 m. buvo Palonų filialistas. Jis čia su kitais suorganizavo bolševikų tarybas, 1921 m. atsisakė kunigystės.
Į Palonus 1927 m. paskirtas kunigas Mykolas Ruseckas pats suprojektavo bažnyčią ir kleboniją. Iki 1935 m. pastatyta klebonija, 1939 m. – akmenų mūro bažnyčia.