Pajūrio dvaro savininkas grafas Valavičius 1780 m. pastatė bažnyčią (buvo Žvingių parapijos filija). 1830 m. tikintieji pastatė naują mūrinę bažnyčią. Ji 1898 m. restauruota, panaujinti altoriai. Vyskupas Pranciškus Karevičius 1919 m. bažnyčią konsekravo. 1912 m. įkurta parapija.
1935 m. Kazys Nausėda Kretingos pranciškonams dovanojo 50 ha žemės ir mūrinius namus su malūnu, lentpjūve, vilnų verpykla. Pajūryje įsikūrė pranciškonų naujokynas. 1941 m. vienuoliai išsikėlė į Kretingą. Vienuolyne įsteigta žemės ūkio mokykla. Pajūryje nuo 1947 m. klebonavęs Klemensas Arlauskas (1910–1991) 1949 m. vasario 6 d. areštuotas ir ištremtas. Į Lietuvą grįžo 1956 m.