1875 m. pro Pagėgių kaimą nutiestas geležinkelis bei plentas Tilžė – Klaipėda. Per trumpą laiką tiesėjai išmūrijo paštą bei geležinkelio stotį, keletą pagalbinių pastatų. Palaipsniui kūrėsi gyvenvietė – miestelis. Dar spėriau Pagėgiai augo, 1920 m. tapę apskrities centru. Bažnytinė valdžia 1922 m. miestelį pripažino bažnytinės apskrities centru, bet superintendento rezidenciją teko įkurti atokiame, 14 km į šiaurės vakarus nuo Pagėgių, Plaškių bažnytkaimyje. 1929 m. atvyko priekuliškis Martynas Šernius, keletą metų misijonieriavęs tolimoje Borneo saloje, po to kunigavęs Kudirkos Naumiesčio parapijoje. 1931 m. Pagėgių bendruomenei pripažintos savarankiškos parapijos teisės. Tuo laiku ją sudarė 14 kaimų (Būbliškė, Grigolaičiai, Jėgininkai, Mikytai, Nausėdai ir kt.), anksčiau priklausę Tilžės bažnyčiai. Savų maldos namų statyba, atsiradus nenumatytų kliūčių, vis atidėliota. Tik 1933 m. vasario 19 d. pašventintas neprašmatnus, bebokštis, 20 m ilgio ir 10 m pločio statinys, suręstas per labai trumpą laiką. Į šventinimo iškilmes atvyko Klaipėdos krašto Generalinis superintendentas F. Gregoras, Pagėgių bažnytinės apskrities superintendentas Otas Obereigneris, aplinkinių parapijų kunigai, bet nepakviestas nė vienas dvasininkas iš Didžiosios Lietuvos. Vos mėnesiui praėjus, mirė M. Šernius. Kurį laiką dirbo Adolfas Studieras, o 1934 m. atvyko Jakobas Labrencas, kuris kunigavo iki 1944 m. pabaigos. 1936 m. Pagėgių bendruomenę sudarė apie 3 000 žmonių. Daugelis jų save jau laikė vokiečiais. Šią tendenciją iliustruoja 1937 m. konfirmantų pasiskirstymas: per vokiškąsias pamaldas įžegnota 61, per lietuviškas – vos 8.
1938 m. bažnyčia kiek pertvarkyta, pristatyts bokštas, įsigyti du garsiose Apoldos dirbtuvėse išlieti varpai, bet jau 1939 m. kraštą aneksavusi vokiečių valdžia Pagėgių apskritį panaikino, jos vakarines parapijas priskyrė Šilutės, likusias rytines – Tilžės – Ragainės apskritims. Kraštą okupavus TSRS 1946 m. rudenį apskrities valdžia bažnyčią iš tikinčiųjų atėmė ir įrengė grūdų sandėlį. Melstis žmonės rinkosi į suremontuotą evangelikų kapinių koplytėlę, kuri anksčiau buvo vartojama lavonams iki laidojimo padėti. Religinė bendruomenė uždaryta Religinių kultų reikalų tarybos nutarimu 1948 m. birželio 30 d. Liuteronų bažnyčia, nugriovus jos bokštą, pertvarkyta į kino teatrą „Komjaunuolis“. 1989 m. rugpjūčio 27 d. pagėgiškiai liuteronai kreipėsi į Šilutės rajono Vykdomąjį komitetą, prašydami jų bendruomenę pripažinti, grąžinti atimtąją bažnyčią. Tų pačių metų spalio 29 d. rajono valdžia, o lapkričio 27 d. ir Religijos reikalų taryba nutarė parapiją užregistruoti. Pastaroji Vykdomajam komitetui nurodė grąžinti jai turėtuosius maldos namus. Pamaldas Pagėgiuose laiko kunigai Ridas Tamulis ir Liudas Miliauskas, bendruomenėje apie 190 asmenų.