Miežiškių koplyčia minima 1669 ir 1744 m. Dvaro savininkas Pšeciševskis 1782 m. pastatė naują medinę koplyčią. 1864 m. pastatyta klebonija. Gal tada koplyčia tapo Panevėžio parapijos filija. 1872 m. sumūryta šventoriaus tvora. Buvusi koplyčia 1883 m. perstatyta. 1885 m. pastatyta didesnė klebonija, 1891 m. – namai bažnyčios tarnams, vėliau – ūkiniai pastatai.
1908 m. suprojektuota mūrinė bažnyčia (sąmatinė vertė 15 554 rb). Valdžia neleido jos statyti, kol nebus surinkta bent pusė sąmatoje numatytų pinigų. 1909 m. įsteigta parapija. Kunigo T. Pranaševičiaus rūpesčiu 1911 m. pradėta statyti dabartinė bažnyčia. Darbus sutrukdė karas. 1916–1920 m. klebono Antano Paurio iniciatyva statyba baigta. Bažnyčią 1921 m. konsekravo vyskupas Pranciškus Karevičius. Iš senosios bažnyčios medžiagos 1924 m. pastatytas parapijos namas su sale. 1942 m. bažnyčia išdažyta.