Pirmoji bažnyčia minima 1585 metais. Antrąją bažnyčią 1611 m. pastatė Dimitrijus Kurbskis. Jai skyrė 7 valakus žemės su baudžiauninkais. 1611 m. įsteigta parapinė mokykla. 1643 m. pastatyta klebonija, mokykla.
1736 m. inventoriuje minima nauja bažnyčia. Per 1794 m. sukilimą pagrobta daug bažnyčios brangenybių. 1796 m. klebonijai priklausė 3 valakai žemės prie Krinčino ir Šniukštų kaimas (12 valakų).
Klebono kanauninko Jono Jeronimo Šarkevičiaus rūpesčiu 1777–1782 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. Krinčine 6 m. vikaravo poetas Antanas Vienažindys (1841–1892). Klebonas M. Požėla 1908 m. pastatė plytų mūro varpinę. Meistras Antanas Krivickas bažnyčią 1939 m. naujai išdažė.