Krakių valsčius 1421 m. dovanotas Žemaičių vyskupui (suvalstybintas 1842 m.). Pirmoji bažnyčia pastatyta 1478 m. Klebonas Jurgis Talaitis 1529 m. bažnyčią remontavo. Krakėse 1570–1572 m. klebonavo Mikalojus Daukša, vienas lietuvių raštijos pradininkų. 1579 m. minima parapinė mokykla (veikė ir XIX a. pirmojoje pusėje). Bažnyčia iki 1649 m. atstatyta. Nauja medinė pastatyta 1768 m. vyskupo Jono Lopacinskio iniciatyva. 1780 m. įrengta altarija. Ji 1863 m. sudegė; neatstatyta.
Dabartinė mūrinė bažnyčia parapijiečių lėšomis pastatyta 1897–1907 m. Klebono Kazimiero Marmos rūpesčiu ji 1931 m. išdažyta. Senoji bažnyčia nugriauta.