Į Kėdainius nuo 1703 m. pradėjo važinėti Kauno jėzuitai. Apie 1747 m. pastatytas jėzuitų misijos namas ir bažnyčia. Ji po 1773 m. sunyko. Kėdainiuose 1704 m. paskirtas sklypas karmelitų bažnyčiai ir vienuolynui, kurie pastatomi iki 1709 m. Vienuolynui priklausė Daukšų kaimas. 1713 m. įkurta parapija.
1766 m. pastatyta nauja bažnyčia. Parapijai 1820 m. priklausė Kėdainių miestas ir Janušavos priemiestis. Rusijos valdžia 1832 m. vienuolyną uždarė, parapiją prijungė prie Josvainių. Vėliau vienuolyno pastatas paverstas kareivinėmis. Iki 1863 m. suvežta mediena bažnyčios sienojams pakeisti.
Po Pirmojo pasaulinio karo bažnyčia buvo Kėdainių Šv. Jurgio parapijos filija. Joje kapelionas laikydavo pamaldas mokiniams. 1963–1991 m. bažnyčia neveikė. Restauruota pagal architekto Dainiaus Juozėno projektą.