Pirmąją bažnyčią 1726 m. pastatė jėzuitai. Prie jos veikė parapinė mokykla. 1752 m. bažnyčiai paskelbti atlaidai. 1782 m. parapijoje veikė Švč. Trejybės ir Švč. Marijos Škaplierinės brolijos. Klebono F. Petrausko ir parapijiečių rūpesčiu 1848 m. pakeisti bažnyčios sienojai. Po 1891 m. klebonas Tomas Sirvydas pamaldas pradėjo laikyti lietuviškai. Bažnyčioje nuolat būta nesutarimų tarp lenkų ir lietuvių. 1912 m. teisti asmenys, terorizavę tuos, kurie viešai kalbėjo lietuviškai, giedojo lietuviškas giesmes ir skaitė iš lietuviškų maldaknygių.
Tarpukariu religinį ir kultūrinį švietimą organizavo klebonas Andrius Juknevičius. Klebonas Antanas Mažeika (Joniškyje nuo 1929 m.) 1945 m. ištremtas, klebonas Juozas Voveris (1911–1979) taip pat buvo ištremtas, klebonas Juozas Šalčius (1900–1988) nuteistas 10 m. kalėti.