Girdžiai 1554 m. dovanoti Veliuonos klebonui (nuo 1842 m. valstybinė valda). Apie 1809 m. pastatyta medinė koplyčia. Vyskupas Motiejus Valančius 1853 m. prašė valdžios leisti suremontuoti apleistą Girdžių koplyčią ir laikyti joje pamaldas. Nurodė, kad prieš 30 metų čia nuolat gyveno kunigas. Gavus leidimą vietos gyventojai koplyčią 1858 m. perstatė.
Po Pirmojo pasaulinio karo klebonas Albinas Alseika su parapijiečiais pradėjo statyti medinę bažnyčią. Pastatė 1926 m. Ji buvo Jurbarko parapijos filija, vėliau įsteigta parapija. Girdžiai garsėjo Šv. Onos atlaidais.