Manoma, kad pirmoji bažnyčia Darsūniškyje pastatyta 1418 m. Jai 1473 m. dovanotos 6 šeimynos, 1492 m. – pusė dešimtinės iš Jiezno dvaro sodybos , leista pasistatyti smuklę. 1655 m. bažnyčia sudegė. 1694 m. pastatyta nauja.
1702 m. Švedijos kariuomenė sudegino kleboniją ir prieglaudą. XVIII a. veikė parapinė mokykla. Vėlesnė bažnyčia statyta 1780 m. Ji 1818 m. sudegė. Nauja mūrinė bažnyčia pastatyta 1848–1855 m. XIX a. pabaigoje klebonas Jotautas pamaldas laikė lietuviškai. 1910–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius.
1944 m. patrankų sviediniai bažnyčią apgriovė: įlūžo lubos, įtrūko sienos, sudegė medinės dalys. Klebonas J. Kanoverskis su parapijiečiais iki 1950 m. bažnyčią atstatė.