Iki 1871 m. kaimo kapinėse pastatyta medinė koplyčia. 1911 m. įkurta parapija. Pilviškių klebonas S. Švilpa pastatė kleboniją ir ūkinius pastatus. Tikintieji be caro valdžios leidimo pastatė dabartinę medinę bažnyčią. 1912 m. statyti baigė pirmasis jos klebonas Simonas Garmus.
1911–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybes draugijos skyrius, turėjęs savo biblioteką – skaityklą. Per Pirmąjį pasaulinį karą bažnyčia apgriauta, sudegė parapijos trobesiai. S. Garmaus rūpesčiu bažnyčia atstatyta, 1921 m. įsikūrė pavasarininkų kuopa. 1930 m. pastatytas didysis altorius. Klebono Vaclovo Degučio rūpesčiu (Bagotojoje nuo 1970 m.) bažnyčia suremontuota, įvestas šildymas.