Lietuvos maršalka ir Trakų vaivada, Alytaus dvaro savininkas Jonas Zaberezinskis iki 1520 m. pastatydino bažnyčią. 1524 m. įkurta parapija. Kurį laiką bažnyčią lankė abiejų miesto dalių katalikai. Pagal fundacijos aktą bažnyčios vikaras privalėjo mokėti lietuvių kalbą. 1658 m. bažnyčia atstatyta. 1763 m. pastatyta nauja medinė bažnyčia. 1773 m. įsteigta parapinė mokykla. 1810 m. bažnyčia, mieste kilus gaisrui, sudegė.
1818–1820 m. klebonas Liudvikas Kaminskas su parapijiečiais pastatė dabartinę bažnyčią. Iki 1842 m. klebonijai priklausė Skraičionių kaimas. 1910 m. paskirtas klebonas Konstantinas Paulavičius 1930 m. bažnyčią išplėtė ir suremontavo. Buvo pristatytas bokštelis, šventoriaus tvora sumūryta iš akmenų.