Dabartinę mūrinę bažnyčią 1782–1796 m. pastatė Aleksandravėlės dvaro sodybos savininkas Ignotas Morikonis. 1795 m. įsteigta parapija, paskirtas klebonas. Klebonija buvo mūrinė, vėliau pastatyta medinė. 1832 m. bažnyčiai priklausė 1,5 valako žemės. XIX a. antrojoje pusėje Aleksandravėlėje 30 metų klebonavo Pranas Savickas (1778–1863), rašęs eiles. Kapinių koplyčioje ginklus slėpdavo 1863 m. sukilėliai. Bažnyčiai 1940 m. pradžioje priklausė 30 ha žemės.
2007 m. rugsėjo 11 dieną buvo baigti Aleksandravėlės bažnyčios remonto darbai, per kuriuos buvo sutvarkytas ir perdažytas bažnyčios fasadas.